彼の最も有名な作品は、おそらくドイツ・リート《インスブルックよさらばInnsbruck, ich mu? dich lassen 》であろう。この曲は、しかしながら旋律そのものはイザークの創作ではなく、単なる(民謡の)編曲だったのかもしれない。この旋律は後にルター派のコラール《おお世よ、われ汝より離れざるを得ず O Welt, ich mu? dich lassen 》にも流用され、バッハ作品やブラームスのオルガン曲の基礎となった。
イザークは《コラリス・コンスタンティヌス(コンスタンツ大聖堂の合唱曲)Choralis Constantinus 》を未完成のままで遺した。これはミサ固有式文の通年分を完全に作曲(多声化)する最初の試みとして知られ、およそ100曲が含まれている。イザークの門弟ルートヴィヒ・ゼンフルがこの曲集を完成させたが、その死後1555年になるまで出版されなかった。イザークはミサ通常文によっても40曲あまりを遺した。