ノイミュンスターに下士官軍人の息子として生まれる。
アビトゥーア修了後、
キールで丁稚奉公に出たが、1933年11月に親衛隊(SS)に入隊。1934年5月に
ラインハルト・ハイドリヒに抜擢されてSD本部へ招かれ、
フランツ・ジックスの下でユダヤ人や新聞の担当となった。ハーゲンはユダヤ人問題処理の組織化・合理化・中央集権化をはかった。
アドルフ・アイヒマンをウィーンに派遣し、ユダヤ人外国本部を設置させたのもジックスとハーゲンである。ハーゲンはナチスのユダヤ人政策の重大な責任者である。1937年にはアイヒマンとともにユダヤ人の
パレスチナへの追放を企図して同地を視察しようとしたが
イギリスにより入国を阻まれている。