オキナワコキクガシラコウモリ Rhinolophus pumilus の亜種とされる。現在、
琉球列島の
コキクガシラコウモリ類の分類が再検討されているが、本亜種は原記載以降標本が採集されておらず、さらに
基準標本が焼失しているため、所属がはっきりしないのが現状である。また、伊良部島からミヤココキクガシラコウモリの可能性がある骨格標本が発見されており
[丸山勝彦 『改訂・沖縄県の絶滅のおそれのある野生生物(動物編)-レッドデータブックおきなわ-』 沖縄県文化環境部自然保護課、2005年、P21-22。]、『日本の哺乳類【改訂2版】』 は伊良部島にも分布するとしている。