日本において、人権団体は行き過ぎた活動を行うものと捉えた批判はしばしば見られる。例えば、「犯罪者の人権擁護を訴え、犯罪被害者の人権を無視している」とか「
言葉狩りの首謀者として行動している」といったものである。一方でこれらに対する反論として「犯罪被害者の人権を守ろうという団体も数多く存在することを無視している」、「既に流布された言葉を使わないものとするには社会全体の広範な支持が必要で、人権団体が騒いだだけでは実現しない」といったものがある。
人権団体への批判に対して、様々な人権団体を全て特定の政治勢力のように捉える誤解から来るとする見方がある。しかし、日本では大半の
平和団体と同じく、
中国のチベット人弾圧などの特定国の人権侵害に対し、黙殺もしくは
人権侵害に対する抗議活動を非難する行為をはじめ、人権とは明らかに逸脱した主張を掲げて活動する人権団体もあまた見られる(これについては
プロ市民や
人権屋の項目に詳しい)のが現状である。この点から人権団体に否定的な意見を持つ者も居る。