慶長7年(
1602年)、
出羽国の豪族であった
六郷政乗は、
関ヶ原の戦いで東軍に与して武功を挙げたため、常陸国府中に1万石を与えられて府中藩を立藩した。
元和9年(
1623年)、政乗は出羽国
本荘藩へ移され、その後に
皆川広照が入る。広照と言えば、
徳川家康の子・
松平忠輝の後見人を務めていたことで有名であるが、広照は忠輝の家臣・
花井吉成と対立し、さらに忠輝の不行状による責任なども取らされて、浪人となっていた。しかし幕府からやがて赦免され、再び所領を1万石与えられたのである。広照の後は、その息子である
皆川隆庸が、自分がすでに領していた5000石と父の遺領を併せて1万5000石を領する。ただし、弟の
皆川宗富に1070石を分与したため、1万3930石を領することとなった。
寛永10年(
1633年)、隆庸は
近江国浅井郡に4000石を加増され、約1万8000石を領する大名となる。隆庸の後は子の
皆川成郷が継ぐ。このとき、成郷は弟の
皆川秀隆に5000石を分与している。しかし成郷は
正保2年(
1645年)6月に死去。嗣子が無かったため、皆川氏は断絶し、改易となる。そしてしばらくの間、府中藩は廃藩となった。