川が合流する多くの場合、どちらかの流れの方が距離も長く運んでくる水量も多いため、本流と支流の区別は明らかである。しかし、場合によっては一方の川は距離が長く、他方の川は短い代わりにより多くの流域から水を運んでくるといった例があるため、支流と本流の区別のつけがたい場合が多い。上流部ではどちらの川も小さいため、区別の難しいところも多い。
こうした場合、本流と支流を区別する決まった規則はない。例えば
スイスでは、アルプスに源を発する
ライン川と
アーレ川が合流しているが、アーレ川のほうがより多くの水を運んでくるにもかかわらず距離に長いライン川を本流としている。また、
ミシシッピ川上流では、より長い
ミズーリ川よりも、より多くの水量を集めるミシシッピ川のほうが本流とみなされる逆のケースもある。その他、歴史的事情で短い川のほうが本流となっている場合もある。