曹洞宗の坐禅は中国禅の伝統と異なり、「
修証一如」(無限の修行こそが成仏である)という道元の主張に基づいて「
只管打坐(しかんたざ)」(ひたすら坐禅すること)をもっぱらとし、臨済宗のように
公案を使う(悟りのための坐禅)流派も一部にあるが少数である。
21世紀初頭の現在、曹洞宗に所属する約15,000ヵ所寺は、永平寺派の有道会と、總持寺派の總和会に所属が二分されており、
宗務総長も両派が1期4年ごとに交代で担当している。閣僚にあたる内局の部長7名も両派でほぼ半数ずつ、
宗議会議員(定数72名)も36選挙区ごとに両派から1名ずつ選ばれている。系列の学校法人も永平寺系の
駒澤大学、
東北福祉大学、總持寺派の
愛知学院大学、
鶴見大学などに二分されており理事長や学長は実質的にそれぞれの派が指名権を持っている。