印判状は朱印状・
黒印状ともに幼少で
花押を記すことが困難であった
今川氏親が発給文書に用いたのが最初と言われている。最古の朱印状は
永正9年(
1512年)に氏親が
西光寺の
棟別銭を免除するために発給した文書である。以後、印判状は
織田氏・
武田氏・
上杉氏・
北条氏・
里見氏など
東国の有力
戦国大名の間で用いられた。印判状は民政・軍事両面で多くの公文書発給に迫られた
大名領国制の元で花押署記の手間を省く手段として用いられた。
朱印・黒印の2種の種別は各大名家によって異なっていたが、使用に区分を設けたかどうかは判明していない。
織田信長も公文書に黒印・朱印を用いたが、外交文書などの重要な文書には「天下布武」の4字が入った朱印状を用いたが、黒印状による例もあった。続く
豊臣秀吉は朱印のみを用いた。
徳川家康は更に楕円形の朱印と四角形の朱印の使い分けを行った。海外貿易を許可する際には後者を押した朱印状を授けたことから、この朱印状を受けて貿易を行った船を
朱印船と呼び、後に「
朱印船貿易」の呼称が発生する。家康以来、10万石もしくは四位以上の大名・
摂関家及び
清華家・
大臣家・
従一位の
公家に対する知行安堵は花押を署記した
判物、10万石以下の武士の知行安堵や
寺社領の寄進・安堵は朱印状、
将軍の私的な書状や軽微な事項では黒印状によって発給された。ただし、初期の頃は例外的な発給も多くあった。後に
旗本には朱印状の交付はされなくなり、小規模寺社に対する寄進などには黒印状が用いられるなどの変遷もあり、一定の格式が定まるのは
徳川家綱の時代とされている。なお、
藩主においても朱印状と黒印状の使い分けが行われていた(朱印状を発給できるのは将軍のみという説は俗説である)。