第三海堡跡は
浦賀水道航路に隣接し、海上交通の輻輳から海難事故の原因と指摘されていた。航路として安全な水深を確保するため2000年12月から撤去工事が進められており、
2007年8月に撤去が完了した。吊り上げられた構造物は第三海堡跡南西2,000m の海域に投棄され
魚礁などに再利用されているほか、一部は陸揚げして綿密に調査され、当時の土木工事の水準を超えた人工島造成技術が分析されている。兵舎や弾薬庫など陸揚げされた構造物は横須賀市浦郷町の
国土交通省関東地方整備局追浜展示施設で公開されている。また、大型兵舎は
うみかぜ公園に展示されている。